자궁내막증의 대표적인 증상은 생리통을 포함한 골반통이나 요통입니다. 증상이 없는 경우도 있는데, 자궁내막증으로 인한 생리통은 생리가 나오기 전에 시작되며, 생리기간 동안 내내 지속되고 초경 이후 한 번도 빠짐없이 생리통을 겪는 경우도 있으며, 대개 하복부 양쪽에 통증이 오는데, 염증이 주위조직을 파괴해 통증이 발생합니다.

이식설에서 설명하는 것과 같은 원인으로 자궁내막증이 생겼다면, 이식부위에서 부분적인 염증반응이 일어나며, 깊이 이식되었을 때는 주위 조직이 파괴되는데, 이것이 통증의 주된 원인이며, 그 밖에 주변 조직과의 유착, 조직이 딱딱하게 굳어지는 섬유화 현상, 월경혈이 고였다가 흡수되면서 주변 조직을 끌어당기는 경우 등에도 통증이 발생합니다.
자궁내막증은 발생 부위에 따라 요통을 일으키기도 하지만 자궁 내막증의 정도와 통증의 정도는 별로 상관관계가 없다고 말할 수 있는데 복강경을 통해 살펴본 결과, 자궁 내막증이 매우 심한 환자였지만 그동안 아무 증상이 없었던 경우가 있습니다.

골반강 내에는 면역 작용을 주로 하는 대식 세포가 자리 잡고 있습니다.
자궁 내막증에 걸려 자궁 내막 세포가 골반강 내에 생기면, 이것을 정화하기 위해 대식 세포의 활동력이 왕성해지게 되며 활동력이 왕성해진 대식 세포는 복강내에 생긴 자궁 내막 세포뿐만 아니라 사정된 정자까지도 공격해서 불임을 야기 시키기도 합니다.
또 염증 반응이나 유착으로 인해 나팔관의 움직임이 제약을 받아 난소에서 난자가 배란되어도 정자와 만나기 어려운 경우도 생깁니다. 따라서 자궁내막증이 치료되면 임신율도 증가합니다.
그러나 자궁내막증과 자연 유산의 관계는 확실치 않으며 아직 연구 중에 있습니다.

자궁내막증의 치료는 자궁내막증 제거를 위한 수술적치료가 원칙이며 심한 자궁내막증의 경우 수술 후 재발방지를 위해서 호르몬억제치료와 약물치료를 병행합니다.